中心前身是1960年4月组建的甘孜州卫生防疫站，2003年疾控体制改革时组建为甘孜藏族自治州疾病预防控制中心。中心是从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益一类事业单位，主要承担辖区内疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究7大职能25个类别255项具体工作任务。半个世纪以来，中心认真贯彻“预防为主”的卫生工作方针，在各级党政和卫生行政主管部门正确领导和关心支持下，历经疾控人员的艰辛创业，励精图治、锐意改革、求实奋进、开拓创新，创建了康巴疾控事业的光辉业绩，走过了康巴疾控事业从无到有、从小到大并逐步发展壮大的光辉历程，为保障群众身体健康和生命安全做出了积极贡献。中心下设办公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、卫生科、检验科、质控科七科一室，及工青妇群团组织，是一个藏、汉、回等多民族组成的大家族。经几代疾控人的努力，全州传染病总发病率有了大幅度下降，建立了从县到州到省直至国家卫生部的传染病疫情与突发公共卫生事件报告网络系统和各种疾病专报网络系统，传染病监测工作得到了进一步加强。通过持续落实防控措施，鼠疫、包虫病重大传染病防治工作取得显著成效；通过强力推进全州预防接种规范化、精细化管理工作，疫苗针对传染病发病率大幅度下降；全面推行结核病“三位一体”新型防治服务体系，强化病人管理，肺结核发病率呈现下降趋势；建立艾滋病“三线一网底”管理机制，防治工作有力推进；持续开展大骨节病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效显著。先后荣获国家、省、州授予的“先进集体”、“先进科研集体”等荣誉称号、表彰奖励70余次，科研成果奖20多项。涌现出一批全国、省、州先进个人、先进工作者和有突出贡献的专家。