医院始建于1881年，原名“惠世医院”，为英国教会医院。1973年整建制划归福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的四家三级甲等综合医院之一。医院设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，东海院区占地322.6亩；医院编制床位2000张。呼吸与危重症医学科被列入国家临床重点专科，介入呼吸病学、低视力康复、产前超声医学等亚专科跃入国内先进水平。免疫学和变态反应专业、皮肤病专业、超声诊断专业、肿瘤科（中西医结合）等专科被列入省级临床重点专科。呼吸与危重症医学科、免疫风湿科、超声医学科、眼科、皮肤医学美容、中西医结合肿瘤科、生殖医学等多个专科或亚专科处于省内领先水平。胃肠外科、甲乳外科、骨质疏松、脊柱外科、关节外科、肝胆胰外科、重症医学科、泌尿外科、妇产科、内分泌与代谢病科、心血管内科、神经内科、血液内科、肾脏内科、消化内科、肿瘤化疗科、放射治疗科等专科或亚专科处于省内领先水平。