医院前身是1970年从北京下放至江西的中国医学科学院整形外科医院。目前，医院五块牌子，一套人马，分别是江西省肿瘤医院、江西省肿瘤研究所、江西省第二人民医院、江西省癌症中心、南昌大学附属肿瘤医院，成为医疗、预防、教学、科研、安宁为一体的全省肿瘤防治科研中心，以肿瘤诊治、整形修复为专科特色，兼顾综合疾病诊治的全省唯一的省级三级甲等肿瘤专科医院。医院设有33个临床、医技科室，18个单病种临床科室35个病区。编制床位1650张，开放床位2017张。拥有1个国家临床重点专科（护理学科），2个省临床重点专科（胸部肿瘤外科、中医肿瘤科），4个省医学领先学科（胸部肿瘤外科、放射肿瘤学科、肿瘤科（肺部肿瘤）、头颈肿瘤外科），4个省肿瘤性疾病诊治中心（江西省肿瘤放疗中心、江西省肿瘤化疗中心、江西省肝肿瘤诊断治疗中心、江西省乳腺肿瘤诊断治疗中心）。