本校創立於民國四十八年六月十八日，定校名為「瀛海」，蓋取「涵容深廣、永垂久遠」之義。當時董事會公推湯惠蓀博士為首屆董事長，敦聘當時台南縣鹽水中學校長曹樹勛先生為首任校長，是年八月首次招收高中部一年級新生一班，初中部四班，男女兼收，開啟蓽路藍縷以建瀛海之途。

五十五年湯惠蓀博士逝世，五十六年一月董事會改組，公推薛人仰先生為董事長。六十四年十月一日曹校長逝世，董事會敦請鄭人貴先生為校長。

旋薛董事長出使國外，董事會公推黃耀祖先生為董事長。六十六年四月，鄭校長因病請辭，董事會敦請盧暉光先生暫代校長。

六十八年二月，董事會改組公推郭少鳴先生為董事長。八月董事會敦聘童家駒先生接掌本校，童校長不幸於六十九年一月病逝。八月董事會敦聘李淦先為校長。

七十一年二月郭少鳴先生辭去董事長職務，董事會選舉石紫添先生接任董事長。八十四年九月董事會全面改組，由王朱東先生接任董事長。八十六年八月李校長屆齡退休，由教務主任張復國先生代理校務，八十七年八月董事會聘請黃炎祥先生為校長至今。

本校是所純普通科高中，並附設有國中部，男女合班上課，學習氣氛和諧，歷經近四十年的慘淡經營，現有國中三十五班，高中廿一班，共計五十六班

校舍採分期建築，七十三年興建完成綜合大樓，七十九年五月曉月樓竣工啟用，八十一年六月又興建完成瀛新樓，更於八十六年六月完成重建新的惠蓀館及篤行堂工程，美崙美奐、雄偉壯觀，學校脫胎換骨，硬體大建設終告底定，提供師生最佳學習環境。