民國三十五年三月廿九日，本校奉准設立，初名為「台南縣立北門初級中學」，由北門區耆宿高文瑞先生首任校長。

民國三十八年八月一日，奉省教育廳核准增辦高中，擴充為完全中學，易名「台南縣立北門中學」。

民國三十八年八月十五日，校長高文瑞先生調任曾文區區長（而後，高氏曾當選兩屆台南縣縣長），省府派曾任教育部门秘書溫麟先生接掌校務。

民國四十年四月一日，校長溫麟先生調長台灣省立中壢中學，省府派薛佩琦先生接任。

民國四十一年八月一日，本校奉台灣省政府核定改制，升格為「臺灣省立北門中學」。

民國四十二年八月三日，校長薛佩琦先生調長台灣省立高雄女子中學，省府派崔德禮先生接掌。

民國四十七年八月一日，崔氏調台灣省立板橋中學，省府派原任省立馬公中學校長張開嶽先生接任。

張氏接長後因積勞成疾，於四十八年病逝任內。

民國四十八年八月一日，省令調升本校教務主任張祚倫先生接掌校務。

民國四十九年八月一日，張氏調任台灣省立台中師範學校，省府派施金池先生接掌。

民國五十七年，實施九年國教，由省辦高中，縣市辦國中，自此，本校原有初中部終止招收新生。

民國五十九年八月一日，本校奉臺灣省政府核定更名為「臺灣省立北門高級中學」。

民國六十一年十一月十五日，施氏因辦學績優，榮升台灣省教育廳副廳長(嗣後施氏又先後出長台北市教育局長、省教育廳長及教育部常務次長等職)，省府派原任省立虎尾高級中學校長譚地大先生接掌。

民國七十一年八月二十日，譚氏奉派調長台灣省立鳳山高級中學，省府派原任省立恆春高級中學校長曾建順先生接任，曾氏到職不及二月，旋於民國七十一年十月十六日，奉調高雄市教育局主任秘書

民國七十一年十月十六日，省府派原任教育廳專門委員賴大農先生接掌校務，賴氏到任後，抱著「處處為師生著想，時時為教育努力」之辦學原則，銳意革新校務。

民國七十七年二月一日，賴氏奉派調任台灣省立清水高中校長，省府派原任省立基隆女子中學教務主任王麗君女士接任。

民國七十八年二月一日，王氏奉調台灣省立大甲高中，省府遴派原任市立嘉義國中校長林允生先生接掌，林氏到任後，以崇法務實的作風，銳意「樹立優良校風、提昇升學率」。

民國八十二年二月一日，省府遴派原任台南縣立關廟國中校長王武雄先生接掌校務。

民國八十八年二月一日，王氏奉調省立新營高中，省府遴派原任宜蘭特殊教育學校校長陳恆吉先生接掌校務，陳校長以廉能務實的精神力求「團結和諧開創新局」為辦學目標，積極營建校園活潑進取之新氣象。

民國八十九年二月一日，本校奉准改名為「國立北門高級中學」。

民國九十四年八月一日，陳氏榮退，教育部门遴選原任屏東高工教務主任林勳棟先生接掌校務，林校長以「學生第一、教師至上、員工為重、家長助力」的精神，力求「教育全人化、輔導全面化、行政效率化、資源社區化、學習快樂化」為辦學目標，積極建構活力、和諧、優質的校園。