本校前身為「馬祖初級中學」，創立於民國四十六年，設址於南竿鄉介壽村，即今介壽國民中小學現址，每年僅招收一班學生，時為馬祖地區最高學府，培育了無數地區人才，掀起了塑造馬祖文化」的時代使命。迨民國五十七年以響應先總統實施九年國民義務教育，為因應四鄉五島普設國中學生增加之需求。乃於民國五十七年升格改制為「福建省立馬祖高級中學」，並附設國中部，使馬祖地區的教育更上層樓。民國六十五年，為配合地區實施「精校」政策，奉令將國中部撥交介壽國民中小學，本校專辦高中，並遷校於原「介壽中心國民小學」現址(介壽村濱海處)，使地區中等教育制度更臻完備。

民國七十一年，為培育馬祖漁農經建人才，首創附設職業實驗班(撈魚、養殖兩科)。民國七十三年，改隸「國立馬祖高級中學」，為馬祖地區教育史上填入重要的一頁。

四十五年來，本校培育了3086位校友，有的升學、有的就業。他們本著愛鄉的情懷，把所學的貢獻於地區各行各業上，使馬祖從荒蕪落四十五年來，本校培育了3086位校友，有的升學、有的就業。他們本著愛鄉的情懷，把所學的貢獻於地區各行各業上，使馬祖從荒蕪落後的漁村，提昇到如今耀眼的地位。肩負馬祖文化的拓荒者，本校未敢懈怠，未然仍然負起馬祖地區高級中堅份子人才的培育，以再造馬祖光明的願景。