本校創立於民國卅五年四月五日，由陳而約先生籌備。五月李鏡煌先生接任校長，八月李校長辭職。

民國卅六年陳而約先生任校長，校名為台南縣立斗南初級中學。

民國卅八年奉令試辦高中。

民國卅九年更改校名為雲林縣立斗南中學（雲林縣由台南縣劃出）。

民國四十二年十月陳而約先生辭職，林國廉先生繼任校長。

民國四十四年八月林國廉先生辭職，由周肇煒先生接任校長。

民國四十六年十月奉教育廳核定為全省社會中心教育實驗學校之一。

民國四十七年創設古坑分部，次年獨立為雲林縣立古坑初級中學，即今之古坑國民中學。

民國五十年奉教育廳核定為全省科學教育實驗學校之一。

民國五十七年改制國中，高中部學生撥交省立虎尾高中，改校名為雲林縣立斗南國民中學。

民國五十八年八月奉教育廳核定為國民中學教育實驗中心學校。

民國五十九年九月周肇煒先生調長彰化和美國中，省令調派陳志武先生接任校長。

民國六十二年九月附設中級補習學校，至六十六年停辦。

民國六十四年八月陳志武先生調長台北樹林國中，省令調派黃炎祥先生接任校長。

民國六十六年三月奉教育廳核准設立啟智班實驗教學。

民國六十七年奉教育廳指定本校成立資源教室。

民國六十九年七月黃炎祥先生奉調台北市。八月省派廖獻璋先生接任校長。

民國七十二年三月廖獻璋先生奉調縣府，省派楊流錝先生接任校長。

民國八十年三月楊流錝先生奉調雲林國中，省派黃清江先生接任校長。

民國八十三年八月黃清江先生調升省立台東女中校長，省派劉武雄先生接任校長。

民國八十四年三月奉教育廳核准設立啟聰班實驗教學。

民國八十四年八月省立斗六高中借用本校校舍設立斗南分班。

民國八十五年五月奉教育廳核定辦理特教第十年技藝教育班。

民國八十六年八月奉教育廳核定為特殊教育中心學校。

民國八十九年六月劉武雄校長退休，八月由郭清江校長接任。

民國八十九年奉令改制為完全中學，校名為斗南高級中學。

民國九十一年八月郭清江校長榮升教育局長，由陳嘉辰校長接任。