本校創於一九四六年，一九六九年成為教育署資助之全日制初中學，一九九三年轉制為本港第一間實用中學，並修訂課程，增設多項與職能有關之實用科目。配合教育署實用中學主流化政策，本校二零零一年開始，逐步主流化，但保留既有特色，包括海軍傳統(如步操）及寄宿服務，並開辦中四及中五課程。隨著新高中學制發展，學校將於2011/12年度擴展至高中三。

香港航海學校基本課程：香港航海學校為一所寄宿男校，設有中學五年制課程，學生可參與中學會考。學術課程的重點在於發展學生語文、數學和資訊科技基本能力；同時發展學生在海事、酒店服務及保安行業的性向和興趣。本校為一所具有特色的主流中學，以八大學習領域作為重心，輔以多元化的學習模式推動學生在生活中學習不同領域的知識，如時事、自然生態、社區研究等，此等學習的成績及表現亦會計算在考試成績當中。八大學習領域分別為：中國語文、英國語文、數學、體育、藝術教育、個人及社會教育、資訊教育以及科學教育。

校園及設施：本校坐落赤柱中心，依山面海，佔地達兩公頃。校舍共八座，其中三座為教學大樓，其餘為教員室、飯堂、一個可容納三百人的空調宿舍及室外、室內運動場館。此外，為配合學校水、陸活動的發展，本校亦設水上活動中心、碼頭、直升機停機坪、步操儀仗訓練場、足球場、籃球場、排球場、作為學生學習及活動用途。