樟樹國中現址原為汐止國中遷校之文中預留用地，臺北縣政府分別於七十八、八十兩年辦理校地徵收；並委由汐止國中負責管理與維護。惟因汐止地區近年發展快速，人口急遽成長，為因應地方教育發展之需求，乃有籌設汐止第三所國中之議。為順應地方需要，促進國民教育均衡發展，台北縣政府乃將原先汐止國中遷校計畫取消，並於民國83年8月1日成立籌備處籌設汐止鎮（市）第三所國中，定名為「臺北縣立樟樹國民中學」。（核定文號：省政府教育廳83年6月14日83教四字第08213號函；縣政府83年12月19日83北府教二字第437834號函）。民國八十三年八月縣府調派鄭校長榮壽為首任籌備主任。民國八十五年八月李校長榮東奉派為本校第二任籌備主任，完成第一期校舍工程的督建及第二期校舍工程的規劃。民國八十七年八月「臺北縣立樟樹國民中學」正式成立，由籌備主任李榮東先生接任首屆校長，任內積極推展校務，不遺餘力，為樟樹國中奠定良好基礎。民國九十年八月呂校長永財接篆視事，賡續各項校務推展及督建第二期校舍工程，樟樹團隊在呂校長豐富的行政經驗及全方位的教育理念領導下，校園生氣蓬勃，學風純良，校務蒸蒸日上，辦學績效卓著，校譽蜚英騰茂，為樟樹國中創立「追求卓越、超越顛峰」的新里程。民國九十四年八月由劉校長台光接任，積極推展校務及修繕校園環境、擴充硬體教學設施，建立學校制度及特色，使樟樹國中在穩健中逐步成長。民國九十八年八月鄒慶德校長接任續事。