新化密邇古都，綰轂南縣東南奧區，文化開啟，風氣通盛。民國34年本省甫告光復，地方熱心教育人士，即有籌設中學之議。眾謀簽同，籌維作始，民國35年3月23日奉台南縣政府教學字第3872號代電核准設立「台南縣立新化初級中學」。

民國35年5月6日奉台灣省政府教育廳正式核准設立，定名為『台南縣立新化初級中學』。先後接收前新化日本小學，新化初級女子職業學校為校舍，修葦備用。校地面積寬廣達4.7474甲，分為南北兩院。校園原多高柯茂樹，滿眼蔥鬱，數年經師生共同努力，開闢環境，不斷美化綠化，塑造成優美校園。

本校設立之初，僅招收新生3班，就讀學生，除新化外，遍及南化、玉井、善化、安定、關廟、左鎮、山上、楠西、永康、新市一帶。旋又復創立分校於玉井，以適應地方需要。民國57年秋，政府實行九年國民教育政策，本校改為「台南縣立新化國民中學」，僅限收新化鎮學區內新化、大新、那拔、礁坑、口埤、正新等國小及大坑分校畢業生。

民國65年奉准增設特殊教育班（啟智班），同年8月9日又奉台灣省政府教育廳（89）教四字第55951號令核准「附設國民中學補習學校」，嘉惠新化區失學青年民眾就讀。

歲月駸駸，自創校迄今，凡六十又二寒暑，此其間經由梁道、徐增明、邵體璋、闕鎬曾、曾存道、沈琦、梁宗禮、林榮華、王揚智、沈水柱、劉財坤等諸校長先後接掌，殫精竭慮，諸多建樹，在樽節經費下，次第完成自強樓、勤學樓、藝術與人文大樓、特教大樓、行政大樓、校門、傳達室、學生活動中心、大穆降大樓等興建。凡初中部、國中部、中級補校畢業生，校友數萬人，或繼續深造，或服務社會，遍佈各地，表現良好，斐然有聲。

全校現有班級數共50班（含普通班44班、體育班3班、啟智班2班、資源班1班），學區國小有新化、大新、正新、那拔、口埤、礁坑等國小，現有學生數為1584人，教職員工126人。

現任校長林明正氏，於民國94年8月到職，延續校務發展，配合鎮公所都市計畫辦理信義路截彎取直工程、新化演藝廳新建及週邊工程、自強樓、勤學樓、特教大樓屋頂防水隔熱工程、銜接走廊及協辦新化社區大學，兼重軟硬體規劃，實施結合社區文化，提升人文精神教育內涵，邁向精緻教育的指標。